Un arrêt maladie de 2 jours n’est pas toujours rémunéré, en raison du délai de carence appliqué par la Sécurité sociale. Toutefois, certaines conventions collectives ou politiques d’entreprise permettent un maintien partiel ou total du salaire. Ce guide décrypte en détail les règles applicables, les conditions à remplir, les exceptions possibles, ainsi que les différences entre secteur privé et public.
Comprendre les règles de rémunération pour un arrêt maladie de 2 jours
Qu’est-ce qu’un arrêt maladie rémunéré selon la loi ?
En droit du travail français, un arrêt maladie rémunéré désigne une période d’interruption de travail pour raisons de santé pendant laquelle le salarié perçoit une compensation financière, sous certaines conditions. Ce dispositif est encadré principalement par le Code de la sécurité sociale, les conventions collectives applicables au salarié, ainsi que par la politique interne de l’employeur. L’indemnisation repose sur deux piliers : d’une part, les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) et, d’autre part, le complément de salaire parfois versé par l’employeur selon l’ancienneté et les dispositions contractuelles.
La loi prévoit un délai de carence de trois jours avant le versement des IJSS pour les salariés du secteur privé, mais ce délai peut être supprimé ou réduit par certaines conventions collectives. En parallèle, l’article L1226-1 du Code du travail précise que sous condition d’un an d’ancienneté, l’employeur doit verser un complément de salaire pouvant porter la rémunération jusqu’à 90 % du salaire brut pendant une durée variable. Ces règles s’appliquent différemment dans la fonction publique, où l’indemnisation est immédiate grâce au maintien du traitement.
Il est donc crucial de considérer à la fois le régime de base et les dispositions spécifiques du contrat ou de la convention collective. Un arrêt court, tel qu’un congé maladie de deux jours, sera souvent non indemnisé par la Sécurité sociale à cause de la carence, mais pourra être partiellement couvert si un accord d’entreprise le prévoit, comme dans certains grands groupes ou branches professionnelles.
Arrêt maladie de courte durée : quelle prise en charge par la Sécurité sociale ?
La Sécurité sociale joue un rôle central dans la gestion des arrêts de travail, y compris lorsqu’ils ne durent que quelques jours. Toutefois, pour un arrêt maladie de courte durée, notamment de deux ou trois jours, la prise en charge peut sembler déceptive. En effet, sauf exception, le délai de carence de trois jours empêche le versement immédiat des indemnités journalières. Concrètement, cela signifie qu’une absence de deux jours pour raison médicale ne sera pas indemnisée par l’Assurance maladie, sauf en cas de récidive dans les 10 jours ou s’il s’agit d’une affection de longue durée (ALD).
Il est également important de préciser que l’indemnisation dépend du respect de plusieurs conditions :
- Avoir travaillé au moins 150 heures sur les 3 mois précédant l’arrêt ou avoir cotisé sur un revenu d’au moins 1 015 fois le SMIC horaire brut sur les 6 derniers mois.
- Disposer d’un arrêt médical dûment prescrit et transmis dans les 48 heures à la CPAM ainsi qu’à l’employeur.
En cas de non-respect de ces critères, aucune prise en charge ne sera versée. Pour les travailleurs précaires, en intérim ou les salariés embauchés depuis peu, ces seuils peuvent s’avérer difficiles à atteindre. Par ailleurs, en 2023, la Sécurité sociale verse environ 50 % du salaire journalier de base, après application du plafond. Toutefois, pour les arrêts très courts touchant les petites périodes, l’impact du délai de carence transforme souvent l’arrêt en un congé non rémunéré si aucune garantie complémentaire—type subrogation—n’est prévue.
Il existe aussi des situations où le délai de carence ne s’applique pas. Par exemple :
- Si l’arrêt est lié à un accident du travail ou une maladie professionnelle, l’indemnisation débute dès le premier jour (sans carence).
- En cas de rechute dans les 10 jours suivant un précédent arrêt indemnisé, le délai de carence peut être évité.
Il est donc conseillé aux salariés de consulter leur convention collective ou de se renseigner auprès du service RH afin de vérifier si une prise en charge complémentaire est prévue dès le début de l’arrêt. Certains salariés bénéficient d’une subrogation, parfois automatique, qui leur permet de toucher l’intégralité de leur rémunération malgré la carence initiale instaurée par la Sécurité sociale.
Arrêt maladie de 2 jours : quelle protection pour le salarié selon le Code du travail ?
Le Code du travail, en lien avec le statut de salarié, encadre de manière précise la protection accordée en cas d’arrêt de travail, même s’il est très court. Pour un arrêt maladie de 2 jours, la législation distingue deux dimensions fondamentales : la protection de l’emploi et la continuité de la couverture sociale. Concrètement, le salarié en arrêt bénéficie d’une protection contre le licenciement : selon l’article L1226-2 du Code du travail, l’employeur ne peut pas rompre le contrat de travail en raison de l’état de santé, sauf en cas d’impossibilité avérée de maintenir le poste ou de perturbation grave du fonctionnement de l’entreprise. Pour un arrêt aussi bref, cette hypothèse reste toutefois marginale.
Sur le plan de la protection sociale, même si l’indemnisation financière n’est pas systématique pour un arrêt de 48 heures, le salarié demeure couvert en matière de droits sociaux. Cela signifie qu’il continue à acquérir des droits à la retraite, à congés payés (dans certains cas), et reste affilié à la complémentaire santé de l’entreprise, conformément à la loi ANI de 2016. En outre, cet arrêt de deux jours peut ouvrir droit à des heures de formation via le Compte Personnel de Formation (CPF) en étant comptabilisé comme période d’emploi, sous certaines conditions.
Enfin, il est à noter que la déclaration dans les délais joue un rôle clef dans la protection juridique du salarié. Ne pas transmettre à temps son avis d’arrêt — soit dans les 48 heures à l’employeur comme à la caisse primaire d’assurance maladie — peut entraîner une perte de droits, notamment en cas de récidive ultérieure ou de prolongation. La vigilance administrative devient ainsi un rempart essentiel dans la courte mais sensible durée de l’arrêt maladie de 2 jours.
Le délai de carence en arrêt maladie : règles générales, exceptions et spécificités
Combien de jours de carence sont appliqués et dans quel cas ?
Le nombre de jours de carence applicable lors d’un arrêt maladie dépend du régime de protection sociale auquel appartient le salarié ainsi que du contexte de l’arrêt. En règle générale, pour les salariés du secteur privé, un délai de carence de 3 jours s’applique. Ce délai signifie que les indemnités journalières versées par la Sécurité sociale ne démarrent qu’à partir du quatrième jour d’arrêt. Ainsi, un arrêt de deux jours ne donne lieu à aucune indemnisation par la Sécurité sociale, sauf exceptions.
Ce délai ne s’applique pas dans certains cas bien précis :
- Accident du travail ou maladie professionnelle : le salarié est indemnisé dès le premier jour sans carence.
- Arrêt en lien avec une affection de longue durée (ALD) : si l’affection est reconnue par la Sécurité sociale, la carence peut être supprimée.
- Arrêt lié à une rechute dans les 10 jours suivant un précédent arrêt déjà indemnisé : l’ancien délai de carence n’est alors pas réappliqué.
Dans la fonction publique, les règles varient. Depuis 2018, un jour de carence est appliqué pour les agents publics en arrêt maladie ordinaire. Toutefois, ce délai unique ne s’applique pas en cas de congé maternité, d’accident de service ou de maladie professionnelle, où l’indemnisation est immédiate.
Au-delà des dispositifs légaux, certaines conventions collectives ou accords d’entreprise peuvent instaurer une prise en charge intégrale dès le premier jour, via un maintien de salaire. Ce mécanisme est souvent facilité par la subrogation, où l’employeur perçoit les indemnités journalières à la place du salarié et complète le revenu. Ainsi, même en présence d’une carence officielle, certains salariés ne subissent pas de perte de revenu — une protection majoritairement réservée aux grandes entreprises ou aux secteurs réglementés.
Liste des situations où le délai de carence ne s’applique pas
Bien que généralement appliqué, le délai de carence peut être levé dans certaines situations bien précises prévues par la réglementation ou la jurisprudence. Dans ces cas, l’indemnisation débute dès le premier jour d’arrêt, évitant ainsi une interruption de revenu pour le salarié concerné.
Voici une liste détaillée des cas dans lesquels le délai de carence ne s’applique pas :
- Accident du travail ou maladie professionnelle : la prise en charge débute dès la date de l’arrêt prescrit, sans délai de carence, conformément aux articles L. 411-1 et L. 461-1 du Code de la Sécurité sociale.
- Rechute ou reprise dans les 10 jours suivant un arrêt maladie déjà indemnisé : le délai de carence initial est réputé accompli, permettant une indemnisation immédiate.
- Affection de Longue Durée (ALD) : lorsque l’arrêt est directement lié à une ALD exonérante reconnue, aucune carence n’est appliquée.
- Hospitalisation dès le premier jour : certains CPAM accordent, par tolérance, une suppression du délai lorsqu’un arrêt de travail est concomitant à une hospitalisation.
- Reprise du même arrêt en cas de mi-temps thérapeutique échoué : si l’arrêt reprend sans interruption substantielle, la continuité du traitement de l’indemnisation sans nouvelle carence est généralement assurée.
- Cas spécifiques dans les régimes spéciaux : certains salariés affiliés à des régimes particuliers, comme les intermittents du spectacle ou les marins, bénéficient d’exemptions automatiques de carence dans certaines situations de santé reconnues.
De plus, certaines conventions collectives prévoient expressément des suppressions du délai de carence dans des contextes particuliers, comme le travail de nuit, les métiers à haut risque ou les postes dits sensibles (santé, sécurité, protection civile).
Il est essentiel de consulter en amont la convention collective applicable pour identifier les éventuelles dérogations contractuelles. Ces accords peuvent aller au-delà des obligations légales en prévoyant un maintien de salaire intégral sans interruption, dès le premier jour d’arrêt. C’est notamment le cas dans certains secteurs comme la métallurgie, l’aéronautique ou la banque.
Quelles différences entre public et privé en matière de carence ?
Le délai de carence n’est pas uniforme entre les secteurs public et privé, et cette disparité peut avoir un impact majeur sur la rémunération en cas d’arrêt maladie de courte durée. Du côté du secteur privé, il est établi que les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) ne sont versées qu’à partir du quatrième jour d’arrêt de travail, en raison d’un délai de carence légal de 3 jours. Cela signifie qu’un salarié dont l’arrêt ne dépasse pas trois jours ne percevra aucune indemnité de la Sécurité sociale, sauf exceptions prévues par la convention collective ou l’accord d’entreprise.
En revanche, dans le secteur public, la règle est souvent plus avantageuse. Depuis le 1er janvier 2018, les agents de la fonction publique sont effectivement soumis à un seul jour de carence pour les congés maladie ordinaires. Toutefois, cette carence est supprimée dans certains cas précis comme les accidents de service, les maladies professionnelles ou les congés liés à la maternité. Par ailleurs, contrairement au secteur privé où l’indemnisation ne relève que partiellement de l’employeur, le traitement est maintenu par l’administration dans la plupart des autres cas, même lorsque les droits sont ouverts sous condition.
Ces différences s’expliquent par les logiques distinctes de protection. Le privé fonctionne par compensation et subrogation, avec possibilité d’amélioration des droits selon les conventions collectives ou les accords d’entreprise. Le public repose davantage sur le maintien du traitement, offrant une continuité salariale dans la majorité des situations. À noter toutefois que certaines collectivités territoriales ou établissements hospitaliers ont adopté des règles internes plus strictes, notamment en cas d’absences répétées ou suspectes, traduisant une volonté de limiter l’absentéisme.
Ainsi, un arrêt maladie de 2 jours peut être totalement non indemnisé dans le privé (en l’absence de complément d’entreprise), alors qu’il pourrait n’entraîner qu’une perte d’un seul jour de traitement dans le public, voire aucune en cas de motif dérogatoire. Cette différence structurelle appelle les salariés à bien connaître leur statut, car le traitement d’une même invalidité peut varier sensiblement selon le régime employeur.
Le versement de l’indemnité en cas d’arrêt maladie de 2 jours
L’employeur doit-il maintenir le salaire en cas d’absence de courte durée ?
Lorsqu’un salarié s’absente pour une courte durée en raison d’un arrêt maladie, la question de la continuité du salaire se pose naturellement. Selon le droit du travail français, il n’existe aucune obligation automatique pour l’employeur de maintenir la totalité du salaire lors d’un arrêt de quelques jours, notamment de deux ou trois jours. En l’absence de dispositions plus favorables, le régime de base prévoit uniquement une indemnisation partielle de la Sécurité sociale, qui n’intervient qu’à partir du quatrième jour d’arrêt, après application du délai de carence.
Cependant, dans de nombreuses situations, un maintien de salaire par l’employeur peut se produire, à deux conditions majeures :
- Le salarié doit justifier d’une ancienneté d’au moins un an dans l’entreprise, selon les articles L1226-1 et suivants du Code du travail.
- L’entreprise, ou son secteur d’activité, doit être couverte par une convention collective ou un accord de branche prévoyant un maintien, même partiel, du revenu dès le premier jour d’arrêt.
En pratique, les clauses de maintien de salaire varient fortement selon le domaine professionnel. Dans certains secteurs comme la banque, l’assurance, l’industrie chimique ou pharmaceutique, il est fréquent que l’employeur prenne en charge intégralement la rémunération du salarié dès le premier jour d’absence, notamment grâce au mécanisme de subrogation. Inversement, dans des entreprises de taille plus modeste ou dans les secteurs peu syndiqués, aucune compensation n’est prévue pour les arrêts inférieurs à trois jours.
Il faut également souligner l’existence d’une disposition clé accordée aux salariés par l’article D1226-1-1 du Code du travail : l’employeur, à partir d’un certain seuil d’ancienneté, doit verser un complément aux indemnités journalières si celles-ci sont dues. Or, dans le cas d’un arrêt inférieur à trois jours, ces indemnités n’étant pas versées, le devoir de complément par l’employeur ne s’applique en général pas non plus… sauf si un accord plus favorable en décide autrement.
Ainsi, tout dépend in fine de l’existence ou non d’un dispositif conventionnel ou contractuel. Le salarié a donc intérêt à consulter le détail de sa convention collective, voire même son contrat de travail, pour vérifier si un salaire est maintenu intégralement ou si l’absence conduira à une perte de revenus temporaire. Certains accords d’entreprise prévoient même une souplesse particulière en cas de consultation médicale urgente, traitée comme du temps de travail rémunéré sans retenue sur salaire, ce qui peut éviter de poser un arrêt maladie de 48h.
Tableau récapitulatif : prise en charge par la Sécurité sociale et/ou l’employeur pendant un arrêt maladie de deux jours
Dans les situations d’arrêt maladie de très courte durée, comme un congé de deux jours, la combinaison d’indemnisation entre la Sécurité sociale et l’employeur peut mener à des résultats très variables selon le secteur d’activité, l’ancienneté du salarié, ainsi que les dispositions conventionnelles ou contractuelles applicables. Pour aider à y voir plus clair, voici un tableau récapitulatif synthétisant les différents cas de figure :
| Situation du salarié | Versement des IJSS | Maintien de salaire par l’employeur | Condition(s) applicable(s) |
|---|---|---|---|
| Salarié du privé (absence de dispositions spécifiques) | ❌ Aucune indemnisation (carence de 3 jours) | ❌ Aucun maintien sauf exception | Arrêt de 2 jours ne dépasse pas le délai de carence |
| Salarié du privé bénéficiant d’une convention collective avantageuse | ❌ Aucune indemnisation de la CPAM | ✅ Oui, maintien possible dès le 1er jour | Accord collectif ou clause du contrat de travail prévoyant un maintien |
| Salarié du privé ayant déjà eu un arrêt indemnisé dans les 10 derniers jours | ✅ Oui, pas de nouvelle carence | ✅ Possible selon ancienneté et accords | Délai de carence considéré comme rempli |
| Salarié du privé victime d’un accident du travail ou maladie professionnelle | ✅ IJSS dès le 1er jour | ✅ Oui, obligation légale de complément | AT/MP reconnu par la CPAM |
| Fonctionnaire (secteur public) | — (Pas d’IJSS, maintien de traitement) | ✅ Maintien partiel ou complet du traitement | 1 jour de carence maximum ; exceptions prévues (accident de service, ALD…) |
| Travailleur couvert par une subrogation systématique (grands groupes) | ❌ Aucune IJSS versée au salarié | ✅ Maintien intégral du salaire par subrogation | L’entreprise perçoit et complète les prestations à la place du salarié |
Ce récapitulatif met en évidence que la carence légale entraine, par défaut, une absence d’indemnisation en cas d’arrêt maladie de deux jours. Toutefois, de nombreux facteurs dérogatoires — accords d’entreprise, conventions collectives, ancienneté, secteur d’activité — peuvent neutraliser cette carence ou garantir un maintien de revenu. Il importe donc aux salariés d’analyser leur situation contractuelle avec attention afin d’éviter les mauvaises surprises en cas d’arrêt léger mais imprévu.
Convention collective, ancienneté, complément d’entreprise : des revenus tout de même possibles ?
Lorsqu’un arrêt maladie de 2 jours survient, nombre de salariés s’interrogent : un dispositif peut-il compenser le manque à gagner causé par le délai de carence? La réponse se trouve bien souvent dans le détail des conventions collectives et au cœur même du contrat de travail. En effet, certaines branches professionnelles, comme celle de la métallurgie ou de la chimie, ont négocié des régimes protecteurs prévoyant un complément de salaire dès le premier jour d’arrêt, évitant ainsi toute perte financière pour les collaborateurs concernés.
L’ancienneté joue également un rôle déterminant : à partir d’un an dans l’entreprise, les salariés peuvent prétendre à un maintien partiel de salaire instauré par l’article L1226-1 du Code du travail. Toutefois, cette obligation ne s’applique que si les indemnités journalières de la Sécurité sociale sont déclenchées, ce qui n’est pas le cas pour un arrêt de deux jours sans conditions dérogatoires. En revanche, plusieurs employeurs ont mis en place des mécanismes internes de prise en charge anticipée intégrant un maintien de salaire immédiat, notamment dans les grandes sociétés disposant d’un service paie autonome ou d’une politique volontariste de gestion RH.
Certains contrats d’assurance collective, négociés au niveau de l’entreprise ou via des accords de branche, proposent également un complément d’indemnités dès le premier jour : c’est ce qu’on appelle souvent « complément d’entreprise ». Ce dispositif, financé en partie avec la participation des salariés, offre une couverture étendue pour les arrêts de courte durée. À noter que le bénéficiaire doit en général respecter des conditions précises, comme avoir déclaré l’arrêt dans les délais et fournir les justificatifs médicaux dans les formes exigées par l’assureur.
Pour les salariés sans ancienneté ou non couverts par une convention favorable, ces arrêts de deux jours peuvent donc représenter une zone grise financière. Néanmoins, l’examen attentif des clauses collectives et contractuelles permet parfois d’identifier des avantages méconnus : par exemple, dans certaines entreprises du secteur bancaire, un arrêt maladie court peut être assimilé à un simple congé exceptionnel pris en charge à 100 % par l’employeur. Des solutions existent donc, mais elles nécessitent souvent un décodage juridique rigoureux pour être activées à bon escient.
